南康区位于江西省赣州市西部，赣江源章江流域的中下游。地处北纬25°28′～26°14′24，东经114°29′9～114°55′24之间。东邻赣县区、章贡区，南连信丰县、大余县，西接上犹县、崇义县，北界遂川县、万安县。南康区纵长横狭，似瓠形，南北长85.45千米，东西宽42.6千米，总面积1732平方千米。距赣州中心城区33千米，距省会南昌455千米。
南康属中亚热带季风湿润气候，年平均气温19.3℃，冬无严寒，夏无酷暑，雨量充沛。12月均温8.8℃，7月均温28.6℃，无霜期286天左右，年平均降雨量1443.2毫米，年均日照时数1856.6小时。
南康境内山脉属南岭山系罗霄山脉和大庾岭山脉的支脉，从6个地方延伸入境，形成6个区域性山系，共有12条主山脉：
钯泥岭——斗笠脑主山脉
庙背白水洞——燕坑岽主山脉
钯泥岭——红岭上主山脉
莲花坞—佛坳岽主山脉
障背——苏访贤岭主山脉
障背——陈访岭主山脉
瑞坑北——蓝坝主山脉
云山——三江肖边岭主山脉
马孜岽——罗边岭主山脉
马孜坳南岽——半境主山脉
田螺丘岽——城防岽主山脉
社背——齐溪口东岸之齐岭下主山脉
千米以上的山峰有2座，即隆木与遂川交界处的白鹤岭（海拔1042米）和斗笠脑（海拔1029.8米）。
南康区境内以章江、上犹江为泾，大小河流60条，其中干流2条，一级支流10条，二级支流19条，三级支流18条，四级支流7条，五级支流4条。境北隆木水与黄沙水属遂川水系，西南的梅源水属信丰水系，其余河流都属章江水系。除章江、上犹江、龙华江、朱坊河、燕溪属过境河外其余均发源境内的南北山区。章江在境内名蓉江，长58千米，流域面积为859平方千米，落差43米，有蕉溪水、赣桥水、龙回河、南水河等11条支流。上犹江在境内长34千米，流域面积911平方千米，落差16米，有燕溪水、沙溪水、龙华江、木林水、桥头水5条主要支流。隆木水属遂川水系，源出小东，流经樟村、曲潭、瑞坑，出境流入遂川巾石河，境内长13.5千米，流域面积43.8平方千米。梅源水在境内西南面的浮石乡境内。
