经济适用房的缺点 ：
1、建造廉价房由政府出面组织，效率低下。如果政府直接出面，违背市场经济中专业分工原则。即使间接出面，中间承接的发展商不以经济效益为考核，难以达到社会资源的较优配置。
2、廉价房以售为主，缺乏退出机制，这是一个根本缺陷。因为买廉价房的时候是穷人，不代表将来是穷人，一辈子是穷人，收入改善后还不退出，一直占用政府补贴的住房，对其他穷人不公平。
3、由于廉价房没有效益激励，一些政府往往只关心提供了多少套房子的目标考核，而很少真正为居住者考虑居住需要。我国的经济适用房政策，国家采用减免土地出让金和相关税费的方式，责令开发商限价出售给中低收入城市居民。
早在1998年住房商品化改革之时，国务院曾经下文要求各级政府尽快建立起以经济适用房为主和租售并举的住房供应体系。但廉租房制度建设由于责任不清、资金来源缺乏等问题一直没有实质进展。对于地方政府而言，廉租房建设无益于财政和政绩。特别是在土地出让招标拍卖的今天，廉租房建设会减少土地出让金收入，该收入在某些经济落后地区政府的财政收入中，甚至占了一半以上。对于房地产开发商而言，由于无利可图，故反应冷淡。 2006年，在商品价格飞涨，经济适用房建设制度被广为质疑的背景下，要求加强廉租房建设的呼声越来越高。该年国务院颁布条例要求地方政府将土地出让净收益的部分按一定比例用于廉租住房制度建设，并为参与廉租房建设的开发商提供银行信贷便利。从目前的实践来看，现有的廉租房数量未能覆盖所有符合标准人群。由于标准过低，大量被排斥在租住标准之外的人群仍然无力购买住房。
