国有土地使用权挂牌出让 出让须知中规定两家及以上报价相同直接转入拍卖程序合法吗

总体合法,因为没有排斥竞争,或者提出不合理的限制条件。一般应该是如果有两人以上报名,且在挂牌截止时均有意继续竞价的,转入拍卖程序。

土地使用权的拍卖,只有一人参拍,可以低于底价成交吗

国有土地使用权挂牌出让 出让须知中规定两家及以上报价相同直接转入拍卖程序合法吗

不能的。
无论是几个人参拍,拍卖都不能低于底价(即保留价)成交的。